Shopify e Moloni ON: Automatiza a tua faturação

Sincroniza a tua loja Shopify com o Moloni ON. Emite faturas automáticas e cumpre todas as regras da AT sem complicações.
Shopify e Moloni ON: Automatiza a tua faturação
Moloni

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Publicado em 16 junho 2026
3 min leitura

Gerir uma loja online de sucesso exige foco nas vendas, no marketing e na experiência do cliente. No entanto, quando o volume de encomendas começa a crescer, a gestão administrativa e fiscal pode rapidamente transformar-se num pesadelo burocrático. Em Portugal, a faturação não é apenas uma necessidade comercial, é uma obrigação legal estrita, regulada ao pormenor pela Autoridade Tributária e Aduaneira (AT). É aqui que a integração entre a Shopify e o Moloni ON se torna o teu maior aliado.

Se utilizas a Shopify, sabes perfeitamente como a plataforma facilita a criação e a gestão de um e-commerce moderno. Mas, sendo uma ferramenta global, a Shopify não emite faturas certificadas que cumpram a legislação fiscal portuguesa. Para resolveres isto sem perderes horas a passar dados à mão, precisas de ligar a tua loja a um software de faturação robusto, moderno e 100% certificado. O Moloni ON é a solução ideal para fazeres essa ponte de forma totalmente automática e sem dores de cabeça.


Principais conclusões

  • Automação total: Cada venda realizada na Shopify gera automaticamente um documento de faturação certificado no Moloni ON, sem necessidade de intervenção manual.
  • Conformidade legal estrita: O Moloni ON é um software certificado pela Autoridade Tributária, garantindo que todas as faturas contêm a assinatura digital, o código QR e o ATCUD obrigatórios.
  • Sincronização de stocks em tempo real: Evita ruturas ou vendas duplicadas; as alterações de inventário na Shopify refletem-se no Moloni ON e vice-versa.
  • Gestão de impostos centralizada: Configuração correta do IVA para Portugal Continental, Regiões Autónomas (Açores e Madeira) e vendas internacionais (vendas intracomunitárias e exportações).
  • Exportação do SAF-T(PT) simplificada: Geração do ficheiro de auditoria fiscal mensal num clique, facilitando a comunicação obrigatória à AT e o trabalho do teu contabilista.

Como funciona a integração entre a Shopify e o Moloni ON?

A integração entre a Shopify e o Moloni ON funciona através de uma ligação direta via API ou por meio de aplicações especializadas de sincronização. O objetivo principal é criar um fluxo de informação contínuo e bidirecional. Sempre que um cliente visita a tua loja online, adiciona produtos ao carrinho e finaliza a compra, a Shopify regista o pedido e processa o pagamento. No exato momento em que esse pedido é dado como pago ou concluído, os dados são enviados instantaneamente para o Moloni ON.

O Moloni ON recebe as informações do cliente (nome, NIF, morada de faturação e e-mail), os detalhes dos produtos adquiridos (preço unitário, descontos aplicados e taxa de IVA) e os dados do transporte. Com base nisto, o sistema gera o documento fiscal correspondente — que pode ser uma Fatura, uma Fatura-Recibo ou uma Venda a Dinheiro —, assina-o digitalmente e insere os elementos obrigatórios por lei, como o código QR e o código ATCUD. O cliente recebe o documento diretamente no seu e-mail, sem que tenhas de carregar num único botão.


Quais são as vantagens de ligar a Shopify ao Moloni ON?

A maior vantagem desta ligação é a eliminação do erro humano e a poupança drástica de tempo. Imagina o que seria teres de copiar manualmente os dados de 20, 50 ou 100 encomendas diárias da Shopify para um programa de faturação. O risco de errar no NIF, de trocar os valores dos produtos ou de aplicar a taxa de IVA errada seria gigante. Com o Moloni ON, esse processo manual deixa de existir.

Para além disso, ganhas um controlo absoluto sobre o teu negócio. Tens acesso a relatórios financeiros detalhados em tempo real, consegues gerir os teus clientes e fornecedores num único painel moderno e tens a certeza absoluta de que a tua empresa está a cumprir todas as regras fiscais vigentes em Portugal. A tua operação torna-se escalável: quer vendas uma ou mil unidades por dia, o esforço administrativo mantém-se exatamente o mesmo.


Como é feita a gestão do IVA nas vendas online com o Moloni ON?

A gestão do Imposto sobre o Valor Acrescentado (IVA) no e-commerce pode ser bastante complexa, especialmente se venderes para fora de Portugal. O Moloni ON simplifica todo este processo ao permitir uma configuração flexível e inteligente das regras de impostos, alinhada com as diretivas da Autoridade Tributária.

Quando vendes para clientes em Portugal Continental, o sistema aplica automaticamente a taxa normal de 23% (ou as taxas intermédia e reduzida, se aplicável aos teus produtos). Se o teu cliente estiver nos Açores ou na Madeira, o Moloni ON está preparado para aplicar as respetivas taxas regionais de IVA.

Para vendas internacionais dentro da União Europeia, o software está perfeitamente adaptado às regras do balcão único do IVA (regime OSS - One Stop Shop). Isto significa que, se ultrapassares o limite legal de vendas comunitárias, o Moloni ON consegue aplicar a taxa de IVA do país de destino do comprador. Caso estejas a vender para empresas (B2B) com NIF validado no sistema VIES, o programa aplica a respetiva isenção de IVA por transmissão intracomunitária. Tudo isto de forma automatizada com base na localização e no perfil do cliente que faz a compra na Shopify.


Tipo de VendaDestinoAplicação de IVA com Moloni ON
B2C NacionalPortugal ContinentalAplica a taxa normal (23%), intermédia (13%) ou reduzida (6%)
B2C RegionalAçores / MadeiraAplica as taxas específicas das Regiões Autónomas
B2C Comunitário (OSS)União EuropeiaAplica a taxa de IVA do país do cliente (se abrangido pelo OSS)
B2B ComunitárioUnião Europeia (VIES)Isenção de IVA (Transmissão Intracomunitária)
ExtracomunitárioFora da União EuropeiaIsenção de IVA (Exportação)

O Moloni ON emite faturas com Código QR e ATCUD automaticamente?

Sim, de forma totalmente nativa e sem necessidade de configurações extra por parte do utilizador. Desde a entrada em vigor da legislação que obriga à inclusão do código QR e do código de validação da série (ATCUD) em todos os documentos fiscalmente relevantes em Portugal, que o Moloni ON garante essa conformidade a 100%.

Assim que a Shopify envia os dados da encomenda, o Moloni ON comunica com a AT (através das séries de faturação previamente comunicadas e validadas), obtém o código necessário e gera o documento final. O PDF da fatura que o teu cliente descarrega ou recebe por e-mail já inclui o quadrado do código QR perfeitamente legível e o código ATCUD na estrutura correta. Isto evita coimas pesadas e garante que a tua loja online opera estritamente dentro da legalidade.


Como funciona a sincronização de stocks entre as duas plataformas?

Um dos maiores desafios de quem vende online é manter o inventário atualizado. Se vendes o último produto em stock na Shopify, precisas que o teu sistema de gestão saiba disso imediatamente. Caso contrário, arriscas-te a vender um produto que já não tens fisicamente disponível. Com a integração do Moloni ON, a gestão de inventário é feita de forma bidirecional e automatizada.

Quando dás entrada de novos produtos ou atualizas quantidades no Moloni ON (por exemplo, após receberes material de um fornecedor), essas alterações são enviadas para a Shopify, atualizando a disponibilidade na tua loja online. No sentido inverso, quando ocorre uma venda no e-commerce, o stock é abatido automaticamente na tua ficha de produto do Moloni ON. Isto dá-te uma visão real e unificada do teu património e dos teus ativos circulantes a qualquer hora do dia.


O que deves fazer para extrair o ficheiro SAF-T (PT) no Moloni ON?

A extração e envio do ficheiro SAF-T (PT) é uma das obrigações mensais mais importantes para qualquer empresa ou trabalhador independente em Portugal. Este ficheiro XML reúne toda a informação de faturação, notas de crédito, guias de transporte e recibos emitidos durante o mês anterior, devendo ser submetido no portal e-fatura até ao dia regulamentar estabelecido pela AT.

No Moloni ON, este processo foi desenhado para ser o mais simples e intuitivo possível. Não precisas de perceber de código ou de bases de dados. Basta acederes ao menu de ferramentas e exportações, selecionar o mês correspondente e descarregar o ficheiro SAF-T (PT). O ficheiro é gerado sem erros de estrutura, pronto para ser validado na aplicação da AT ou para ser enviado diretamente para o teu contabilista certificado. Como a integração com a Shopify garante que todas as vendas foram faturadas de forma limpa, o teu SAF-T(PT) estará sempre impecável e sem discrepâncias de valores.


Como configurar a tua loja Shopify com o Moloni ON passo a passo?

Para colocares este ecossistema a funcionar, o processo é bastante direto e descomplicado. Segue estes passos essenciais para garantires uma ligação perfeita:


1. Preparação da conta no Moloni ON

Antes de ires à Shopify, garante que tens a tua conta do Moloni ON totalmente configurada. Isto inclui ter os dados da tua empresa corretos, as séries de faturação criadas e comunicadas à AT, e as taxas de IVA devidamente estruturadas.


2. Instalação do conector ou app de ligação

Acede ao painel de administração da tua Shopify e vai à App Store. Procura pelo conector oficial ou por uma aplicação de integração recomendada para o Moloni ON. Instala a aplicação na tua loja, concedendo as permissões necessárias para ler pedidos e dados de clientes.


3. Autenticação e ligação de API

A aplicação vai pedir-te as credenciais de acesso ou a chave de API da tua conta Moloni ON. Introduz os dados para estabeleceres a ponte segura entre as duas plataformas.


4. Mapeamento de impostos e métodos de pagamento

Este passo é crucial. Deves associar as taxas de imposto criadas na Shopify (por exemplo, os 23% de IVA) aos respetivos códigos de imposto do Moloni ON. Faz o mesmo para os métodos de pagamento (Multibanco, MB WAY, Cartão de Crédito, PayPal), garantindo que quando uma fatura é emitida, o Moloni ON sabe exatamente por que via o dinheiro entrou.


5. Ativação da automatização

Define o gatilho (trigger) para a emissão do documento. O recomendável para a maioria das lojas online é configurar a emissão automática da Fatura-Recibo assim que o pedido passa ao estado de "Pago" na Shopify. Guarda as definições e faz um teste real para garantir que tudo corre como planeado.


Que tipos de documentos deves emitir para as tuas vendas online?

A escolha do documento correto depende muito do fluxo de trabalho e da forma como cobras os teus produtos. No e-commerce, o cenário mais comum é o cliente pagar a encomenda no ato do checkout. Nestes casos, o documento ideal a ser emitido de forma automática pelo Moloni ON é a Fatura-Recibo. Este documento cumpre uma dupla função: prova que a venda foi realizada (Fatura) e que o valor foi totalmente liquidado pelo cliente (Recibo), fechando a conta de imediato.

Caso a tua loja permita métodos de pagamento em que o envio é feito antes de receberes o dinheiro (como o envio à cobrança ou contra-reembolso), deves configurar o sistema para emitir uma Fatura. Mais tarde, quando receberes o valor por parte da transportadora ou dos correios, geras o respetivo Recibo no Moloni ON para liquidar essa mesma fatura. Se precisares de efetuar devoluções de produtos ou estornos de valores aos teus clientes, a integração permite-te gerar uma Nota de Crédito associada à fatura original, regularizando a situação fiscal e mantendo a tua contabilidade totalmente limpa.

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